Fartøy som anløper Værøy kommunes sjøområde betaler farvannsavgift etter ovennevnte satser. Fartøy som ikke er hjemmehørende i Værøy kommune, og er over 27 m/90 fot betaler farvannsavgift etter følgende bruttotonntabell:
BT-tabell, avgift beregnes per BT